La Masacre de San Patricio, los asesinatos de los obispos de La Rioja, Enrique Angelelli, y de San Nicolás, Carlos Ponce de León, y del padre Carlos Mujica, y los sacerdotes conocidos como «mártires de El Chamical», son algunos ejemplos de la persecución del gobierno militar a aquellos religiosos católicos que trabajaban para la gente humilde.
Si bien la Iglesia católica fue cómplice del régimen militar hubo una minoría llamados los «curas rojos» o comunistas que luchó contra las atrocidades que se cometieron.
Este grupo se caracterizó por la expresa condena a las violaciones de los derechos humanos, la participación en manifestaciones, cartas y homilías públicas contra el accionar represivo, las denuncias al exterior y el acompañamiento a los familiares de desaparecidos.
Según el Movimiento Ecuménico por los Derechos Humanos, al menos dieciocho sacerdotes fueron asesinados o figuran como desaparecidos, otros diez curas estuvieron presos en la dictadura; treinta fueron secuestrados y derivados a los centros clandestinos de detención y luego liberados; once seminaristas fueron asesinados o figuran como desaparecidos y se cree que son más de medio centenar los católicos laicos víctimas de la represión ilegal.
El primer religioso asesinado fue el padre Carlos Mugica quien fue ametrallado un día como hoy en 1974 en esta Ciudad, todavía durante el gobierno de Estela Martínez de Perón, y cuando la Triple A realizaba la persecución para eliminar a la «guerrilla».
Ya bajo la dictadura militar, las primeras víctimas de la Iglesia aparecieron en la provincia de La Rioja, el 18 de julio de 1976 cuando el párroco francés Gabriel Longueville y el sacerdote Carlos de Dios Murias fueron secuestrados en la parroquia El Salvador, de El Chamical, y sus cuerpos fusilados.
La próxima víctima fue el obispo de La Rioja monseñor Enrique Angelelli, cuya muerte ocurrió el 4 de agosto de 1976, en un accidente automovilístico confuso, cuando viajaba a Buenos Aires con la denuncia sobre el secuestro y homicidio de los dos sacerdotes.
Los religiosos palotinos Alfredo Leaden, Alfredo Kelly y Pedro Duffau y los seminaristas Salvador Barbeito y Emilio Barletti, fueron asesinados en la madrugada del 4 de julio de 1976 por un grupo de tareas que ingresó por la fuerza a la iglesia de San Patricio, en el barrio porteño de Belgrano, hecho conocido como la Masacre de San Patricio.
En tanto, monseñor Carlos Ponce de León, obispo de San Nicolás de los Arroyos, también fue asesinado en un supuesto accidente el 11 de julio de 1977, cuando se dirigía a la Capital Federal para entregar a la nunciatura documentación relativa a la represión ilegal implementada en la provincia de Santa Fe.
Uno de los casos que tomó más trascendencia a nivel internacional fue el de las monjas francesas de las Misiones Extranjeras, Alice Domon y Léonie Duquet, cuya desaparición ocurrió en diciembre de 1977, junto a denominado grupo de la Iglesia de la Santa Cruz que integraban las fundadoras de Madres de Plaza de Mayo.
Hasta ahora, el único miembro de la Iglesia que fue sentenciado por violaciones a los derechos humanos fue el ex capellán de la policía bonaerense, Christian Von Wernich.