A principios del siglo XVII llegó a Buenos Aires procedente del Perú, don Mateo Leal de Ayala, quien adquirió una extensa propiedad de 500 varas en esta zona perteneciente al por entonces denominado Pago de la Matanza.
En 1790, luego de varios propietarios, don Juan Diego Flores era el dueño de la mayor parte del primitivo predio. Fue su heredero, don Ramón Francisco Flores, quien junto con su apoderado y amigo Antonio Millán, cristalizó el nacimiento del pueblo cuyo nombre ya se había generalizado designándoselo como «las tierras de Flores».
En 1806 sus propietarios donaron una manzana para la iglesia, reservándose otros predios para la plaza y demás dependencias públicas. Las tierras restantes fueron fraccionadas en manzanas de dieciséis lotes, iniciándose las ventas en 1808. El nombre del pueblo quedó oficializado ese año al crearse el curato de San José de Flores, cuyo pueblo nacía a ambos lados del Camino Real (actualmente avenida Rivadavia), recorrido obligatorio para quienes viajaban hacia el oeste.
Cuatro años más tarde surgirá el partido de San José de Flores. El barrio tuvo desde sus comienzos su propio cementerio, el cual por encontrarse en una zona céntrica debió ser posteriormente trasladado, finalmente en 1871 se inauguró el actual.
La plaza de Flores, siempre ocupó el lugar que se le reservara en el primitivo plano y se utilizó en reiteradas oportunidades para efectuar ejecuciones de personas condenadas por la justicia a la pena capital. Su primer nombre fue «14 de Julio», luego se denominó «San José» y finalmente recibió el nombre de «General Pueyrredón», que conserva hasta la fecha, aunque no consiga desplazar la popular denominación de Plaza Flores.
Flores era por ese entonces un poblado de quintas (casas de campo) de los vecinos ricos de Buenos Aires. Sobreviven partes de las edificaciones de esas quintas, que albergaron a notables, como al propio gobernador de la provincia Juan Manuel de Rosas, a mediados del siglo XIX. En 1859 se firmó allí el Pacto de Unión Nacional, llamado por ello de San José de Flores, disponiendo la reincorporación de la provincia de Buenos Aires a la Confederación Argentina.
En 1887, Flores y su partido fueron anexados junto a Belgrano a los límites de la Capital Federal. Desde ese momento el pueblo pasó a ser uno de los más importantes barrios de Buenos Aires, constituyéndose con el paso de los años en el núcleo social y comercial de todo el oeste porteño.
En la actualidad, Flores es un barrio tradicional ubicado en el centro geográfico de la Ciudad Autónoma de Buenos Aires. Está comprendido por las calles Av. Gaona, Tte. Gral. Donato Álvarez, Curapaligüe, Av. Directorio, Av. Castañares, Curapaligüe, Camilo Torres y Tenorio, Av. Riestra, Av. Perito Moreno, Av. Castañares, Lacarra, Av. Luis J. Dellepiane, Au. 25 de Mayo, Portela y Cuenca. Limita con los barrios de Villa Santa Rita y Villa Mitre al norte, Caballito y Parque Chacabuco al este, Nueva Pompeya y Villa Soldati al sur, y Parque Avellaneda y Floresta al oeste. Pertenece a la Comuna 7.
La ley ey 408, sancionada el 15 de septiembre 2000, de la legislatura de la Ciudad Autónoma de Buenos Aires instituyó el 31 de mayo como el «Día del Barrio de Flores»,por ser esta la fecha en que se erigió la capilla de San José de Flores en 1806.